疾风传前期
三年后，木叶村的“新第七班”队长大和从‘晓’的蝎处得到消息，知道其派往大蛇丸的卧底将于天地桥处跟其会面，并欲籍此找到关于佐助的线索，令大蛇丸吃惊的是，试验体大和存活了下来，随后与因愤怒而化成四尾妖狐的鸣人进行了一场激烈的战斗(兜称这为‘怪物之间的战斗 )，后来却因身体已达极限，故带同兜及团藏派来交涉的佐井一起离开。
但大和班众人没有放弃，追踪至大蛇丸的巢穴，找出并成功劝告佐井归队。之后他们分成两队，以求加快寻找出佐助的位置。途中佐井及鸣人一队却碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鸣人再度交手，而鸣人却让佐井先往寻找佐助。后小樱及大和前来支援，大蛇丸不欲战斗而遁去无踪。不久，鸣人、小樱跟佐助再度见面，但佐助却不领旧情，欲把他们全部杀掉。这时大蛇丸突然出现，出奇地阻止佐助杀死鸣人他们，因为大蛇丸认为他们还有利用价值，可替他多杀掉几个‘晓’的成员(因为大蛇丸曾是‘晓’的成员，后叛离而同时给‘晓’追杀)。佐助会意而放弃杀害鸣人等人的念头，和大蛇丸一起随风而消逝。
不尸转生的三年期限结束后，连兜的药也救不了他，大蛇丸认为是时候利用佐助的身体进行灵界转生。另一边佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，他的存在对其来说没有利用价值，故先发制人，冲进其房间进行刺杀。大蛇丸也不甘示弱，使用白蛇使役术将自己变为体型庞大的巨蛇，威力极为强大。大蛇丸打算通过此术来占据佐助的身体，然而，他却讽刺地在自己进行转生的结界内，被佐助吸收及夺去一切力量，留下一副巨蛇躯壳。结果因身体极其虚弱，不敌佐助的写轮眼而被佐助吸收，灵魂与力量被完全压制。
之后，佐助与自己的哥哥鼬战斗时，由于查克拉耗尽而释放出大蛇丸，他重见天日后本欲与鼬一较高下，结果被自己苦心寻找的十拳剑封印，保命用的小白蛇也被鼬的天照烧死。
第四次忍战
第四次忍界大战期间，佐助、重吾、水月将大蛇丸从御手洗红豆的咒印中复活，大蛇丸并自兜身上取回了自己的查克拉以及兜在这期间所掌握的情报，与佐助、水月和重吾一同去寻找“知道一切真相的人”。之后大蛇丸在宇智波一族的南贺神社利用之前留下卷轴的内容将被尸鬼封尽封印的自己双手及前四代火影的灵魂放出，并利用附身在佐助身上的监视用白绝施展秽土转生，召唤了前四代火影；自己则以白蛇形态逃离因施术而濒死的躯体，夺取了具有初代细胞的白绝身体，并且恢复了双臂。大蛇丸在兜的体内的这段时间想通了，连一直学习自己生存方式，处心积虑计划一切的兜都失败了，故选择帮助佐助，想要见证一个不同于自己的人生。
佐助决定阻止宇智波斑的阴谋后，大蛇丸与鹰小队剩余成员一同赶往战场治疗五影。
大蛇丸与三代火影联手对抗神树分裂体，师徒二人先利用大蛇丸潜影蛇手缠绕住神树分裂体，之后三代火影使用金箍棒将神树打断。与纲手在鸣人的回忆中看见自来也的坟墓，感到惭愧。经过众人不懈的努力，十尾人柱力带土终于被击败了。
之后一只名为阿飞的漩涡状白绝在战场出现，拦住众人去路。阿飞与以三代目火影为首的忍者联军们展开恶战。与此同时，佐助被复活的宇智波斑击倒，生死未卜。香磷想前去救治佐助，大蛇丸则劝诫香磷三人等待合适的时机再行动。后大蛇丸四人抓住时机，压制住阿飞，并趁机突破阿飞的包围圈，前去找到佐助。正当香磷三人担心是否来的及治疗佐助时，大蛇丸发现兜已经在救治佐助。一段时间后，佐助被成功救醒。
无限月读开启后，大蛇丸连同其他人一起中了此术并被神树分裂体缠绕。
最终无限月读解除，包括大蛇丸在内的所有人终于重获自由。
外传
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第四次忍战十几年后反而变得更年轻的大蛇丸
由于大蛇丸已改邪归正，并且曾在第四次忍界大战中带领鹰小队剩余成员立过功，所以不用再被列入叛忍名单中，并且被允许在不涉及他人生命安全的情况下继续做实验，但仍需要被历代火影派人暗中监视。
第四次忍界大战后十几年，鸣人已经成为七代目火影，但此时却出现了冲着佐助而来的新敌人宇智波信。鸣人与佐助认为此事与大蛇丸可能有关系，于是找到大蛇丸。
大蛇丸告诉鸣人与佐助，信其实曾经是自己的实验体之一：信的体质非常特殊，对移植在自己身上的任何组织不会出现丝毫排斥反应。因此，大蛇丸在信身上移植了许多团藏在宇智波灭族事件中收集到的写轮眼，之后又将信已经移植好各种写轮眼的右臂送给团藏，作为团藏的新右臂。大蛇丸还曾用信的细胞克隆出了许多信的克隆人。后来，信带着部分克隆人们离开大蛇丸。
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